芯片設(shè)計(jì)及種類

* 應(yīng)用光刻技術(shù)和嚴(yán)格的流程控制原痊合成高密度芯片，目前已達(dá)到約四百萬探針/cm2增加密度的空間還很大。

* 使用多個(gè)探針來檢測轉(zhuǎn)錄本或SNP，有效地減少探針雜交非專一性的影響，并通過合適的算法獲得更為有力的數(shù)據(jù)。

* 在序列篩選、芯片設(shè)計(jì)和質(zhì)量控制上確保芯片的準(zhǔn)確性和重復(fù)性。在芯片制作過程中不采納“隨機(jī)”的原則，每塊同類芯片都具有高均一性。

第一類人類基因組圖譜SNP芯片：每個(gè)SNP有六個(gè)探針?biāo)募�套檢測，每個(gè)探針?biāo)募�套由每組等位基因的一個(gè)完全匹配和一個(gè)錯(cuò)配組成。每個(gè)SNP總共有24個(gè)不同的探針。SNP5.0芯片和SNP 6.0芯片只取最佳SNP位點(diǎn)和每組等到位基因的一個(gè)完全匹配，并有四次（SNP5.0）或三次（SNP6.0）重復(fù)檢測，所以總共只有八個(gè)或六個(gè)探針。

人類基因組圖譜芯片的所有SNP都經(jīng)過嚴(yán)格的篩選和驗(yàn)證流程。被選擇并鋪載在芯片上的SNP是以準(zhǔn)確度、callrate、連鎖不平衡分析或基因組物理分布狀況為基礎(chǔ)的。500K芯片組有兩張芯片組成，每張芯片平均能對250，000個(gè)SNPs進(jìn)行基因分型。一張芯片使用NspI限制性內(nèi)切酶（~262，000SNPs），另一張芯片使用StyI(~500，568個(gè)SNPs，這個(gè)高分辨率產(chǎn)品，可用于癌癥（包括FFPE樣品）和細(xì)胞遺傳學(xué)中拷貝數(shù)的檢測。不僅提供拷貝數(shù)信息，還提供基因型信息（雜合性丟失，LOH）。

SNP5.0芯片是介于500K芯片和6.0芯片之前的一種中間產(chǎn)品，可以為那些經(jīng)費(fèi)有限的研究人員提供一種極有吸引力的選擇。這種替代500K芯片組進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)研究的單張芯片基因分型產(chǎn)品。除了500，568個(gè)SNPs, SNP5.0還含有420，000個(gè)用于檢測拷貝數(shù)變異的探針。

SNP6.0芯片含有超過906，600個(gè)SNPs以及超過946，000個(gè)用于檢測拷貝數(shù)變異的探針。大約有482，000個(gè)SNPs來自于前代產(chǎn)品500K和SNP5.0芯片。剩下424，000s個(gè)SNP包括了來源于國際HapMap計(jì)劃中的標(biāo)簽SNPs，X，Y染色體和線粒體上更具代表性的SNPs,以及來自于重組熱點(diǎn)區(qū)域和500K芯片設(shè)計(jì)完成后新加入dbSNP數(shù)據(jù)庫的SNPs。SNP6.0還包括了202，000個(gè)用于檢測5，677個(gè)已知拷貝數(shù)變異區(qū)域的探針，這些區(qū)域來源的于多倫多基因組變異體數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫中的每個(gè)3，182個(gè)非重疊片斷區(qū)域分別平均用61個(gè)探針來檢測。除了檢測這些已知的拷貝數(shù)多態(tài)區(qū)域，還有超過744，000個(gè)探針平均分配到整個(gè)基因組上，用來發(fā)現(xiàn)求知的拷貝數(shù)變異區(qū)域。

SNP6.0是一高性能產(chǎn)品，為用于大規(guī)模關(guān)聯(lián)性研究的在固定經(jīng)費(fèi)基礎(chǔ)上提供最高的遺傳力(genetic power)。芯片全面發(fā)揮了光刻技術(shù)的能力，可以在一張芯片上同時(shí)檢測180萬個(gè)分子標(biāo)記。猶如作為全基因組表達(dá)譜研究標(biāo)準(zhǔn)的昂飛表達(dá)譜芯片。SNP6.0芯片將有望作為全基因組關(guān)聯(lián)研究的標(biāo)準(zhǔn)，使得研究人員用一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)化的產(chǎn)品進(jìn)行數(shù)據(jù)交流和整合。

第二類DNA芯片，定向基因分型芯片。通用標(biāo)記物芯片上的原位合成的探針和每個(gè)倒置探針（MIP：Molecular Inversion Probe）所含有的通用標(biāo)記序列是互補(bǔ)的。所以芯片上的每個(gè)探針?biāo)�具有的特征互補(bǔ)地代表了一段與感舉的獨(dú)特SNP相應(yīng)的通用標(biāo)記序列。定向基因分型通過為每個(gè)芯片提供3，000到50，000個(gè)SNP靈活多樣的配置，行為領(lǐng)先的將數(shù)據(jù)庫SNP轉(zhuǎn)化為功能芯片的高轉(zhuǎn)換率及其SNP內(nèi)容。

第三類DNA芯片，CustomSeq ® 重測序芯片。使用掃描法（tiling，每個(gè)堿基位用八個(gè)獨(dú)特的25-mer探針）進(jìn)行構(gòu)建，每個(gè)25-mer探針在中心位堿基互不相同—A、G、C或T—以便同時(shí)探測已知的和新的SNP。CustomSeq ® 重測序芯片能在一塊芯片上分析多至30萬雙鏈序列堿基（總共600，000堿基），提供在一次實(shí)驗(yàn)中大量測序的最有效和最經(jīng)濟(jì)的方法。不論SNP是常見的還是稀有的，抑或是不同義的，昂飛CustomSeq®重測序項(xiàng)目讓研究者用自行設(shè)計(jì)定制芯片來快速鑒別一個(gè)特定區(qū)域的所有SNP。另外，CustomSeq®重測序使研究者能夠比以往更有效、更經(jīng)濟(jì)地進(jìn)行大規(guī)模單倍體生物和微生物基因組重測序。
 
儀器及實(shí)驗(yàn)檢測

* 自動(dòng)化的實(shí)驗(yàn)操作儀器保證了不斷增加數(shù)據(jù)重復(fù)性，減少手工操作時(shí)間。同時(shí)，有最快速高通量的掃描平臺(tái)，這個(gè)最經(jīng)濟(jì)、靈活的系統(tǒng)可以用來進(jìn)行RNA和DNA多項(xiàng)應(yīng)用研究。

* 低樣量完成實(shí)驗(yàn)，最低只需要10~100ng RNA用于表達(dá)譜芯片。500ng用于全基因組SNP芯片。實(shí)驗(yàn)樣本可以是福爾馬林或液氮處理的。

* 結(jié)合于芯片設(shè)計(jì)中，實(shí)驗(yàn)各個(gè)階段設(shè)置了合理的對照，方便了實(shí)驗(yàn)監(jiān)控及使其趨于完美。

* 每個(gè)轉(zhuǎn)錄本或SNP具有多個(gè)探針芯片設(shè)計(jì)，為準(zhǔn)確的qPCR難提供了基礎(chǔ)。

軟件及數(shù)據(jù)分析

* 所有的探針測序的描述和注解都可通過NetAffxTM分析中心獲得，達(dá)成在芯片的設(shè)計(jì)和下游分析處理的緊密相連，從而快速獲取其生物學(xué)意義。

* 公共數(shù)據(jù)庫擁有大量Affymetrix芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果，如NCBI的基因表達(dá)庫（GEO），和其它的生物芯片平臺(tái)相比，存有1000多倍的數(shù)據(jù)，能夠提供更大量的比較數(shù)據(jù)以滿足快速進(jìn)行分析生物路徑和目標(biāo)靶的需要。

* 大量的商業(yè)軟件和免費(fèi)軟件為GeneChip系統(tǒng)而構(gòu)建了相應(yīng)軟件。使得復(fù)雜或者個(gè)性化數(shù)據(jù)分析成為可能，同時(shí)也大大促進(jìn)了實(shí)驗(yàn)結(jié)果的交流。

美國食品和藥物管理局（FDA）最近進(jìn)行生物芯片質(zhì)量監(jiān)控研究（MAQC）來確定不同生物芯片平臺(tái)的結(jié)果的重復(fù)性為為科學(xué)家提供開發(fā)臨床用芯片標(biāo)準(zhǔn)。研究結(jié)果（Nature Biotechnology Sept.8,2006）表明為什么昂飛技術(shù)被視為生物芯片領(lǐng)域的黃金標(biāo)準(zhǔn)以及為什么科學(xué)家發(fā)表了超過8500多篇論文中用了昂飛技術(shù)。昂飛的技術(shù)使您能獲得最靈敏、最高效和最具重復(fù)性的數(shù)據(jù)，并且以難以想象的創(chuàng)造性方式去研究基因組。